Trong tự nhiên, Synodontis khartoumensis được tìm thấy ở những vùng nước chảy liên tục hoặc nước tĩnh trên lưu vực sông Nin[1]. Nó bị đánh bắt vì mục đích tiêu dùng[1].

Tương tự như nhiều loài cùng chi, chúng là loài ăn tạp như ấu trùng côn trùng, tảo, động vật chân bụng, động vật giáp xác, sò và trứng của những loài cá khác.[10]. Hành vi hay những gì liên quan đến việc sinh sản của hầu hết các loài Synodontis thì gần như chưa được biết đến, ngoại trừ việc có được số lượng trứng của các con cái mang thai. Mùa sinh sản thì có lẽ diễn ra vào mùa lũ từ tháng 7 đến tháng 10, rồi chúng bắt cặp và bơi cùng nhau đến hết mùa sinh sản.[11] Tốc độ phát triển của chúng tăng nhanh vào năm đầu tiên rồi giảm dần theo từng năm.[9]